2001年8月15日，经东莞市人民政府同意，松山湖科技产业园有限公司领取了营业执照，为国有独资公司，注册资金20亿元人民币，负责松山湖科技产业园的开发建设。

2002年9月6日，东莞市松山湖科技产业园有限公司核资、更名为“松山湖控股有限公司”，注册资本为4亿元人民币。

2002年9月20日，东莞市松山湖科教投资有限公司正式成立，为松山湖控股有限公司属下二级子公司，经营范围为投资科学教育业，注册资本为1亿元人民币。

2002年9月24日，东莞市松山湖物业管理有限公司正式成立,为松山湖控股有限公司属下二级子公司，经营范围为物业租赁、物业管理、物业修缮，注册资本为50万元人民币。

2002年9月26日，东莞市松山湖房地产有限公司正式成立,为松山湖控股有限公司属下二级子公司，经营范围为松山湖区的房地产开发经营，注册资本为1000万元人民币。

2002年9月27日，东莞市松山湖水务有限公司正式成立,为松山湖控股有限公司属下二级子公司，经营范围为自来水管道铺设、安装及自来水供应，注册资本为人民币3000万元。

2002年10月30日，东莞市松山湖园林景观工程有限公司正式成立,为松山湖控股有限公司属下二级子公司，经营范围为园林景观绿化工程，景观市政工程的设计及施工，花卉苗木种植、销售、收购。注册资本为50万元人民币。

2002年11月17日，东莞市松山湖工业发展有限公司正式成立,为松山湖控股有限公司属下二级子公司，经营范围为投资兴办工业，国内商业、物资供销业，工业投资信息咨询服务，产销相关电子零配件及成品（另设分支机构经营）。注册资本为1000万元人民币。

2004年1月东莞市松山湖公用事业有限公司注册成立，为松山湖控股有限公司属下二级子公司，公用事业公司由原来的松山湖园林公司、水务公司、物业公司，三家公司合并而成。公用公司注册资金为3450万元人民币。

2008年6月5日东莞市汽车运输有限公司成立，经营范围包括县际班车客运，县内班车客运，出租客运（凭有效许可证经营），注册资金100万元人民币。

2008年6月23日，东莞市松山湖物业管理有限公司重新成立，为松山湖控股有限公司属下二级子公司，经营范围包括物业管理、物业租赁服务等，属三级资质物业管理企业，是东莞市松山湖控股有限公司下属5大子公司之一。注册资本为500万元人民币。

2008年6月30日，东莞市在水一方商务酒店有限公司成立。经营范围：旅业、足浴、膝下足部按摩、西餐制售，注册资金为130万元人民币。

2008年7月14日,东莞市松山湖旅行社公司成立，属全资国有企业，为松山湖控股有限公司属下二级子公司。主要从事松山湖旅游及相关行业开发、经营及推广等工作。主要经营管理以下项目：团队业务、代订机票、酒店、松湖烟雨景区、松湖花海景区、在水一方南部餐厅、马术俱乐部、公共自行车、绿道驿站餐厅、桃源公园升级改造、滨湖路安保工作、桃源公园养护、广东特产店、梦幻百花州（合作）。注册资本为500万元人民币。

2010年1月15日，东莞市松山湖梦幻电影有限公司成立，经营范围包括电影院经营管理、电影放映（凭有效许可证经营），注册资金为10万元人民币。

2011年5月19日，东莞市松山湖在水一方苗木有限公司成立，经营范围包括苗木种植、销售（不含种子）；园林绿化工程注册资金10万元人民币。

2011年10月，控股公司战略调整，重新定位，重组架构和业务。新增人力资源部、投资管理部；原房地产公司与工业公司合并为房地产公司，新增科技服务公司和科技投资公司。至此，松湖控股共拥有4个职能部门和6家子公司：办公室、财务部、人力资源部、投资管理部；房地产公司、公用事业公司、科技服务公司、科技投资公司、物业管理公司、旅行社公司。

2013年3月，为适应松山湖高新区发展，配合高新区的发展战略和工作计划，加快企业改革与发展步伐，落实公司总体发展战略，不断健全现代企业制度，根据管委会最新精神和工作安排，公司按照“人员精简、板块清晰、职能互补、协作顺畅”原则，对内部业务和组织架构进行调整。至此，公司共下设4个职能部门和9家二级子公司：行政部、管理部、财务部、人力资源部、房地产公司、公用事业公司、科技服务公司、大学创新城建设发展公司、信息网络公司、城市建设管理公司、汽车运输公司、物业管理公司、旅行社公司。

其中，东莞市大学创新城建设发展有限公司成立于2013年3月11日，经营范围为科技园区开发运营、房地产开发、创业投资、科技交流与推广、科技中介服务。注册资本为1000万元人民币。2013年7月，市委、市政府决定由东实公司作为大学创新城投资主体，随后进行股权转让。

东莞市松山湖汽车运输有限公司于2013年4月19日变更股东，升级为东莞市松山湖控股有限公司二级子公司。

东莞市高新区科技投资有限公司于2013年4月25日更名为东莞市松山湖信息网络有限公司，经营范围变更为互联网信息服务、计算机系统、网络系统和安全防范设备的设计、集成、安装和维护、计算机软件、硬件和辅助设备的销售。注册资本1000万元。

2014年1月24日，东莞市松山湖能源投资有限公司成立，经营范围为能源项目投资；危险化学品的批发、零售；承装、承修、承试供电设施的受电设施。注册资金1000万元。

2014年1月，根据公司未来三年发展战略，结合现阶段发展实际，公司制定了组织架构及分工调整方案，业经管委会党政联合通过。原管理部根据职能划分为运营管理部与投资管理部。至此，公司共下设5个职能部门和9家二级子公司：行政部、运营管理部、投资管理部、财务部、人力资源部，以及房地产公司、公用事业公司、科技服务公司、信息网络公司、城市建设管理公司、汽车运输公司、物业管理公司、旅行社公司、能源投资公司。

2015年，为贯彻做好松山湖与生态园统筹发展的工作指示，两园控股公司通过资产摸底，业务吸收合并，实现了合并办公，并根据管委会的统一行动部署，妥善安排了在公司任职的公务员与事业编人员回归机关，接收了借调在管委会各部门的公司员工，逐步理顺了工作关系，做到了“工不停、人不乱、事不断”。

2016年，公司根据发展需要，调整了组织架构。目前，下设6个职能部门和9家子公司：办公室、财务部、人力资源部、运营管理部、合约法务部和项目开发部，以及房地产公司、城市建设管理公司、科技服务公司、信息网络公司、公用事业公司、汽车运输公司、物业管理公司、旅行社公司、能源投资公司。